潍坊市住房公积金管理中心的机构设置由五个主要科室组成，包括综合科、管理科、贷款科、财会科和监督检查科。

综合科的职责包括协助中心领导协调日常事务，负责政工、人事等管理工作，制定和考核中心管理制度，起草综合性文稿，组织会议和对外宣传，以及行政后勤和档案管理等工作。办公地点位于文化路439号市财政大楼10层1018室。

管理科主要职责是执行公积金管理法规，负责公积金的缴存、登记等工作，催缴未缴存单位，办理公积金支取和转移业务，并编制公积金归集计划和报表。办公地点设在潍坊市行政审批服务大厅。

贷款科负责公积金贷款政策的实施，指导县市区贷款业务，审批个人公积金贷款，确保贷款安全。办公地点在建设银行潍坊市分行新华路支行。

财会科负责公积金的财务管理和会计核算，包括缴存业务核算、财务报告编制和资金调度管理等工作，办公地点在文化路439号市财政大楼10层1019室。

监督检查科则负责中心的信息系统维护，计算机日常管理和病毒防护，数据备份，以及公积金网站建设和监管信息提供等工作，其办公地点在文化路439号市财政大楼10层1012室。